セキュリティはどのブロックチェーンシステムにおいても最重要課題であり、Root Protocolは悪意のある攻撃者からの攻撃を防ぐための強力なメカニズムを備えています。ブロックチェーンの分散型の性質により、データは多数のノードに分散され、単一のエンティティがシステムを改ざんまたは破壊することは非常に困難です。さらに、Proof of Stake(PoS)やその他のバリエーションなどのコンセンサスアルゴリズムがトランザクションを検証し、ネットワークを保護するために採用されています。これらのアルゴリズムは、バリデーターが一定量の暗号通貨をステークすることを要求し、正直に行動し、ネットワークの整合性を維持するための財政的インセンティブとして機能します。